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Tesis del agua

Estudio de los mecanismos de diversificación intraespecífica de Salinibacter ruber

Este trabajo de Pedro Iñaki González Torres presenta el análisis transcriptómico y genómico comparativo de la bacteria halófila extrema Salinibacter ruber, con el objetivo principal de profundizar en la descripción de la microdiversidad genómica y funcional de esta especie y en los mecanismos evolutivos que la dirigen.

La caracterización de la microbiota de los cristalizadores y sus mecanismos de adaptación han suscitado especial interés, ya que en estos estanques es posible encontrar microorganismos con óptimos de crecimiento en medios con elevada salinidad (2,5 a 5,2M), valores muy superiores a los del agua de mar (0,5M). Estos microorganismos, conocidos como halófilos extremos, han sido estudiados extensamente mediante técnicas de cultivo y moleculares.

Este trabajo presenta el análisis transcriptómico y genómico comparativo de la bacteria halófila extrema Salinibacter ruber. El principal objetivo planteado en esta tesis es profundizar en la descripción de la microdiversidad genómica y funcional de esta especie y en los mecanismos evolutivos que la dirigen, explorando en este último caso el alcance de las estrategias evolutivas de los genomas core en especies de la misma comunidad y finalmente en especies procariotas con diversas estrategias de vida.

La consecución de estos objetivos generales se llevó a cabo a lo largo de los tres capítulos en que se estructura esta tesis, abordando en cada uno de ellos los siguientes objetivos específicos: el primer capítulo explora la microdiversidad funcional existente mediante un análisis transcriptómico comparativo de las cepas M8 y M31 mediante RNAseq, observando los efectos derivados de diferencias genómicas sutiles.

En segundo lugar, y objetivo principal del capítulo, se describen en las diferencias de expresión derivadas de la interacción de cepas cercanas en cultivo mixto para elucidar si ambas se comportan como la adición individual de cada una de ellas o si modifican sus actividades, planteando las implicaciones microevolutivas que tiene este tipo de interacción. A lo largo del capítulo 2 se lleva a cabo un análisis genómico extenso de la especie S. ruber. Como primer objetivo se describe la diversidad genómica y patrones de arquitectura de 8 aislados caracterizando los genomas core y accesorio de la especie. En segundo lugar se analizan los mecanismos evolutivos que actúan sobre estas dos fracciones del genoma y sus implicaciones evolutivas.

Por último, en el tercer capítulo se evalúa el impacto de la recombinación homóloga en 54 especies procariotas con tres objetivos: el primero evaluar si, como sucede en S. ruber, este mecanismo resulta determinante en la evolución de los genomas core de alguna otra especie; el segundo explorar qué factores determinan grado de incidencia de la recombinación homóloga sobre los genomas core. y por último elucidar qué efecto ejerce la recombinación homóloga sobre la microdiversidad.

Tesis Pedro González

 

Sobre el autor

Pedro Iñaki González Torres
Pedro González es licenciado en Biología por la Universidad de Alicante (premio extraordinario y mención de Honor) y doctor en Ecología Microbiana Molecular por la Universidad de Alicante y el CRG. En su etapa predoctoral adquirió destrezas tanto en técnicas moleculares como en herramientas bioinformáticas. Sus publicaciones se centran en el uso de la genómica comparativa y NGS para estudiar el origen, evolución y estructura de comunidades microbianas. Para ello, ha desarrollado el dominio y experiencia en análisis bioinformático de datos NGS microbianos. Realizó su etapa postdoctoral en el grupo de Gabaldón, donde participó en varios proyectos de genómica y metagenómica, incluido el proyecto “Saca la Lengua”. Tiene experiencia previa en el sector empresarial, ya que creó el área de metagenómica en el Instituto de Medicina Genómica (IMEGEN) en el parque científico de Valencia. La realización del curso “Accelerate: Building Business from Science and Technology” de la IE Business School amplió su formación en el ámbito empresarial. El Dr. González aporta su experiencia comercial y técnica en el campo de la genómica y la metagenómica.

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