Los tres islotes que forman este archipiélago albergan ejemplares de flora y fauna únicos en el mundo. En el parque se pueden observar hasta 137 especies endémicas y 213 nativas. De sus aves destaca el Picaflor de Juan Fernández o el lobo fino de Juan Fernández.
Este parque encierra uno de los ecosistemas más particulares y sorprendentes del planeta, pero también otro secreto: guarida de piratas y corsarios, una de sus islas fue el hogar del marino escocés Alejandro Selkirk, cuyas experiencias inspiraron la creación literaria de Daniel Defoe: el náufrago más universal, Robinson Crusoe.